Skellig Michael oraz jej siostra Little Skellig powstały w dewonie, ponad 360 mln lat temu, gdy miały miejsce ruchy górotwórcze. Wówczas były częścią stałego kontynentu i znajdowały się na południe od równika. Po ruchach płyt kontynentalnych i zmianach geologicznego charakteru Ziemi, znalazły się na obecnym miejscu nadal pozostając częścią stałego lądu. Dopiero, gdy poziom wód w Oceanie Atlantyckim znacznie się podniósł, zostały one wizualnie odcięte od Irlandii.
Wyspa leży 11,6 km od półwyspu Iveragh w hrabstwie Karry w Irlandii zachodniej. Jest bardzo stromą skałą z dwoma szczytami. Na południowym-zachodzie wznosi się Mierzeja o wysokości 218 m n.p.m., gdzie znajduje się pustelnia, natomiast na północnym-wschodzie wzniesienie wystaje z oceanu na wysokość 185 m n.p.m. i zawiera ruiny klasztoru augustiańskiego. Pomiędzy szczytami znajduje się tzw. Siodło Chrystusa (129 m n.p.m.), z którego droga stroma i niebezpieczna prowadzi do pustelni. Przed Siodłem znajduje się skała przypominająca wyglądem płaczącą kobietę.
Środkowa część między szczytami jest również jedynym miejscem w miarę płaskim i żyznym. Gdy powstał klasztor przez parę miesięcy w roku zakonnicy prowadzili tu uprawę.
Brzeg wyspy jest trudno dostępny, tworzą go wysokie klify i niedostępne ściany skalne porośnięte rzadką roślinnością. Przy brzegach są trzy zatoki, od stron północnej, południowej i zachodniej. Wejście na wyspę znajduje się przy każdej z nich, ale używa się jedynie wejścia od zatoki południowej.
Wyspa utworzona jest z piaskowca i sprasowanego mocno łupka. Jest co dzień wystawiona na silne działanie wiatru i oceanu.